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HPV对男性的直接危害集中于两类疾病：一是生殖器疣，占尖锐湿疣病例的90%，患者年均复发率约30%，治疗成本较高；二是恶性肿瘤，HPV相关癌症占男性全部癌症的5.2%，其中肛门癌、口咽癌、阴茎癌的HPV关联性分别达88%、70%和50%。
间接危害更不容忽视：男性感染者向女性伴侣的传播概率达60%，且母婴垂直传播可导致婴幼儿喉乳头状瘤病。《柳叶刀》上刊发的一项覆盖10万对夫妻的队列研究显示，男性接种HPV疫苗可使女性宫颈癌风险额外降低13%。
某跨国公司扩展临床试验显示，九价疫苗对男性生殖器疣的预防效力达90.4%，对肛门上皮癌变的预防效力为87.3%。群体层面，数学模型表明，当男性接种覆盖率超过50%时，可显著降低全人群HPV流行率。澳大利亚自2013年实施男女共同接种后，生殖器疣发病率下降92%，宫颈癌前病变减少53%。经济效益方面，世界卫生组织的成本效益模型显示，每投入1元疫苗成本可节省7.3元后续医疗支出。