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皮肤型HPV感染可出现寻常疣、跖疣和扁平疣。寻常疣俗称“瘊子”“刺瘊”等，皮损起初为针尖大小，逐渐扩大到豆粒大小或更大，表面粗糙不平，摸上去比较硬，呈皮肤颜色或灰褐色，一般没有明显痛痒感。寻常疣可以出现在身体任何部位，可通过搔抓或摩擦刺激造成自身传染，在周边或其他位置出现新的寻常疣。此外，寻常疣有一种特殊类型，叫丝状疣，常发生在颈部、眼睑等部位，表现为单个细软的突起，呈皮肤颜色或者棕褐色。
跖疣是长在足底的疣，常在摩擦、外伤后出现HPV感染。与寻常疣不同，跖疣通常比较扁平，向内生长较少隆起，质地较硬，角化明显，表面粗糙，常可见到小黑点。跖疣容易与鸡眼或胼胝（俗称“茧子”）混淆，不少患者误把跖疣当成鸡眼或茧子，自行贴鸡眼膏治疗或放任不管，导致疣体未能及时清除，甚至越来越大，越来越多，为治疗增加了很大困难。
扁平疣多发生在面部、手背、前臂等处，为米粒至绿豆大小的扁平丘疹，表面光滑，浅褐色或皮肤颜色，常密集分布，有时可以看到由于自身传染，疣体沿抓痕呈现条状排列。
为什么“疣”总是反反复复？这是很多患者遇到的困扰。这是因为HPV存在亚临床感染和潜伏感染，也就是说有些部位虽然已经被感染但并不能看到疣体，HPV的潜伏期大概3周-8个月（平均3个月），等过了潜伏期，疣体又可能出现在新发部位。另外，原发部位治疗不彻底、HPV再次感染、局部免疫状态低下等都是疣体反复发作的原因。
生殖道黏膜HPV感染可导致尖锐湿疣甚至恶性肿瘤。尖锐湿疣常由低危型HPV感染引起，开始表现为肤色或白色的小丘疹，逐渐增大增多，表明粗糙不平，呈菜花样，患者常没有明显自觉症状或出现轻度瘙痒。高危型HPV感染时，患者可没有任何临床症状，但持续感染有导致宫颈癌、阴茎癌（发病率相对较低）等风险。