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上海市儿童医院药学部副主任药师黄建权表示，有了抗生素，人类才有了对抗细菌感染的武器，很多不治之症因它成为历史。抗生素在今天依然发挥着巨大的作用，然而当好用变成滥用，抗生素带来了新的、巨大的健康威胁。
耐药导致无药可用。黄建权称，人类虽然研发出了各种抗生素药物用来对抗细菌，但只要使用抗生素，就有几率随机出现细菌耐药，产生“超级细菌”。过度使用抗菌药物，会加速耐药细菌的产生。当细菌的进化快过新药研发的速度，我们会再次陷入无药可用的绝境。
影响肠道菌群平衡。人体和细菌是共生的，我们的皮肤、肠道中有大量的细菌存在，菌群的平衡很重要。特别是近几年，研究人员发现肠道菌群与人体健康存在密切的关联。然而使用抗生素，对于细菌通常是“不分敌我”的大范围杀灭，能直接破坏肠道菌群稳定。
对儿童的特殊危害。儿童免疫力差，容易生病，是抗生素滥用的重灾区。除了跟成年人同样的滥用危害，婴幼儿时期的抗生素使用，还会带来长大后的长久疾病风险。目前研究认为，包括哮喘、炎症性肠病、肥胖的出现都可能与抗生素使用有关联。
肝肾损伤和过敏等副作用。抗生素是引起药物性肝损伤、肾损伤的主力，也经常会带来恶心、呕吐、腹泻等胃肠反应。而广谱抗生素对人体正常菌群的巨大影响，常常给女性带来苦不堪言的霉菌性阴道炎。此外，抗生素比其他药物更容易带来过敏问题，严重时会危及生命。