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西方医学奠基人希波克拉底所说的“万病之源起于肠”并非空穴来风。只是这个“肠”并非仅仅局限于解剖学上的肠道概念，还包括了由肠道微生态、肠黏膜屏障、肠固有免疫以及肠神经内分泌细胞所组成的网络。
人体内有90%的微生物都住在肠道中，这些微生物就是肠道菌群。正常人体内的肠道菌群重量可达2kg，是整个人体细胞数量的10倍，数量高达100万亿，至少含有1000种不同种类。
这些微生物群寄居在人的肠道内分工有序地调节着人体免疫、代谢、神经调节及提供营养、能量，甚至防御各种病原体的侵犯，形成人的“肠道微生态系统”。
这些病都与菌群失调有关
菌群失调不但和各种消化系统疾病，如幽门螺杆菌感染、肠易激综合征、炎症性肠病等密切相关，还和代谢性疾病如冠心病、高血压、肥胖、糖尿病等，各种神经系统疾病如帕金森病、自闭症、焦虑症、忧郁症等，过敏性疾病如过敏性鼻炎、哮喘等，以及肿瘤等都有着千丝万缕的联系。
总而言之，肠道菌群与人体形成密不可分，互利共生。