单个癌细胞中染色体外环状DNA和转录组的平行测序

德国柏林洪堡大学Anton G.Henssen团队近期取得进展，提出了单个癌细胞中染色体外环状DNA和转录组的平行测序方案。相关研究成果5月4日在线发表于《自然-遗传学》杂志。

据介绍，染色体外DNA（ecDNA）在癌症中很常见，但其起源、结构动力学以及对肿瘤内异质性的影响等许多问题仍未解决。

研究人员提出了单细胞染色体外环状DNA和转录组测序（scEC&T-seq），这是一种对单细胞环状DNA和全长mRNA进行平行测序的方法。通过将scEC和T-seq应用于癌症细胞，研究人员描述了ecDNA含量的细胞间差异，同时研究了它们结构的异质性和转录影响。含癌基因的ecDNA在癌症细胞中克隆存在，导致细胞间癌基因的表达差异。相反，其他小的环状DNA是单个细胞独有的，这表明它们在选择和繁殖方面存在差异。ecDNA结构的细胞间差异表明循环重组是ecDNA演化的一种机制。