一种算法框架揭示空间细胞微环境

瑞士洛桑大学Giovanni Ciriello等人发现，CellCharter可揭示与组织重塑和细胞可塑性相关的空间细胞微环境。相关研究12月8日在线发表于《自然-遗传学》。

研究人员介绍了一种算法框架CellCharter，用于识别、描述和比较空间解析数据集中的细胞微环境。CellCharter的表现优于现有方法，它能在使用不同技术生成的数据集中有效识别细胞微环境。在多个人类肺癌队列中，CellCharter发现了由肿瘤相关中性粒细胞和表达缺氧与细胞迁移标记的癌细胞组成的细胞微环境。这种癌细胞状态在空间上与增殖性更强的肿瘤细胞簇隔离，并与肿瘤相关中性粒细胞浸润和独立患者队列中的不良预后有关。

CellCharter可以进行跨数据类型和技术的系统分析，以解读空间组织结构与细胞可塑性之间的联系。

据了解，组织以细胞微环境为单位，其组成和相互作用可通过空间全息技术进行研究。然而，组织构成的系统分析却受到数据规模和多样性的挑战。