在单细胞分辨率下绘制先天免疫反应的个体间动力学

英国威康桑格研究所Sarah A. Teichmann和Tzachi Hagai研究团队合作，在单细胞分辨率下绘制了先天免疫反应的个体间动力学。相关研究成果6月12日发表于《自然-遗传学》。

研究人员在来自68个健康供体的人类成纤维细胞中触发了抗病毒反应，并使用单细胞RNA测序对数万个细胞进行分析。他们开发了GASPACHO（利用细胞异质性进行关联映射的高斯过程），这是一种旨在识别细胞转录轨迹中非线性动态遗传效应的统计方法。该方法确定了在应答过程中出现的1275个表达数量性状位点（局部错误发现率为10%），其中许多位点与感染性和自身免疫性疾病全基因组关联研究发现的易感位点共定位，包括COVID-19易感位点中的OAS1剪接数量性状位点。

该研究分析方法提供了一个独特的框架，来描绘在单细胞分辨率下形成广泛转录反应的遗传变异。

据了解，个体间常见的遗传变异可调节细胞对病原体的反应，并与多种免疫病理有关，但它们如何动态改变感染后的反应尚不清楚。