新方法可分析增强子活性和转录组史

荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学医学中心Joost Gribnau小组取得一项新突破。他们的最新研究对增强子活性和转录组史进行了分析。相关成果2月23日发表于《自然-生物技术》。

基因调控网络调控了发育和疾病发生过程中的细胞状态变化，但难以实时跟踪其动态。

研究人员使用一种可诱导的DCM-RNA聚合酶亚基b融合蛋白，对S期细胞的活性基因和增强子进行细菌甲基化标记但不影响基因转录。这种DCM-RNA聚合酶融合蛋白能够标记转录基因和活性增强子，并在发育或分化后期进行检测。研究人员利用这种DCM-时光机（DCM-TM）技术来研究肠道稳态，揭示了肠细胞分化过程中增强子和附近基因的快速协同激活。

该研究对肠道干细胞（ISC）分化的吸收-分泌谱系提出了新见解，并表明ISC保留了维持ISC特性和描绘分化相关基因表达所需的独特染色质。DCM-TM在跟踪细胞状态方面具有广泛的适用性，为细胞状态变化背后的调控网络提供了新见解。