序列特征和DNA修复预测先导编辑插入效率

爱沙尼亚塔尔图大学Leopold Parts团队近期取得进展，他们利用基因序列特征和DNA修复决定因素预测先导编辑插入效率。相关论文2月16日在线发表于《自然-生物技术》。

大多数短序列可以使用先导编辑精确地写入选定的基因组靶标。然而，目前尚不清楚哪些因素对插入序列起决定作用。

研究人员设计了一个包含3604个不同长度序列的文库，并在不同的DNA修复环境中使用不同的先导编辑系统，测量了它们插入3个人类细胞系中4个基因组位点的频率。研究人员发现，插入序列的长度、核苷酸组成和二级结构都会影响插入效率。他们还发现3核酸酶TREX1和TREX2抑制较长序列的插入。将序列和修复特征结合到机器学习模型中，研究人员可以预测插入位点的相对频率。

最后，研究人员展示了这一准确预测和用户友好的软件，如何帮助选择高效插入常见融合标签的密码子变体，并为超过100个有用序列提供确定的插入率目录。