7302株人类微生物基因组尺度代谢重建

爱尔兰戈尔韦大学的Ines Thiele团队研究了用于个性化医疗的7302株人类微生物基因组尺度的代谢重建。相关成果1月19日在线发表于《自然-生物技术》。

据介绍，人体微生物组影响多种常用处方药的疗效和安全性。设计结合微生物代谢的精确医学方法需要菌株和分子分辨率的、可扩展的计算建模。

研究人员对之前人类肠道微生物基因组尺度的代谢重建资源进行了扩展。AGORA2（通过重建和分析组装肠道生物，第二版）包含7302株菌株，包括98种药物在菌株分辨率上的药物降解和生物转化能力研究，并根据比较基因组学和文献检索进行了广泛筛选。微生物重建在3个独立组装的实验数据集上表现非常好，精确度为0.72至0.84，超过了其他重建资源，并预测已知的微生物药物转化，精确度为0.81。研究证明，AGORA2通过预测616名癌症患者和对照组肠道微生物组的药物转化潜力，实现了个性化的菌株分辨率的建模，该药物转化潜力在个体之间差异很大，与年龄、性别、体重指数和疾病分期相关。

AGORA2是人类微生物组的知识库，为宿主-微生物组代谢相互作用个性化预测分析铺平了道路。