单细胞大规模平行报告试验检测细胞类型特异性基因调控

美国华盛顿大学医学院Barak A. Cohen团队开发了通过单细胞大规模平行报告试验，检测细胞类型特异性基因调控的方法。相关研究1月12日在线发表于《自然-遗传学》。

大规模平行报告基因分析是调控基因组学中的关键工具，但如果不在不同细胞类型之间连续进行分析，则无法用于识别细胞类型特异性的调控元件。

为了解决这个问题，研究人员开发了一种单细胞大规模平行报告分析（scMPRA）方案，以同时测量跨多种细胞类型的顺式调控序列（CRS）库的活性。他们分析了HEK293和K562细胞混合物中的核心启动子库，研究表明，scMPRA是一种可重复的、高度平行的单细胞报告基因分析方法，可检测细胞类型特异性顺式调节活性。随后，他们测量了活小鼠视网膜中多种细胞类型的启动子变体库，表明细微的基因变异可以对细胞类型特异性顺式调节活性产生影响。

研究人员认为，scMPRA广泛适用于研究CRS在不同细胞类型中的作用。