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临床中，流感疫苗除6个月以下的幼儿，都可以进行接种。流感疫苗主要针对流感病毒，对可能会流行的毒株进行免疫，并且免疫时间一般在1年左右，基本除特定的人群外必须要注射，对于老年人群、医务人员及儿童等，也建议进行接种。
优先推荐以下重点和高风险人群及时接种：医务人员，包括临床救治人员、公共卫生人员、卫生检疫人员等；大型活动参加人员和保障人员；养老机构、长期护理机构、福利院等人群聚集场所脆弱人群及员工；重点场所人群，如托幼机构、中小学校的教师和学生，监所机构的在押人员及工作人员等。
18岁及以上人群可在一次接受免疫服务时，在两侧肢体分别接种灭活流感疫苗和新冠疫苗。
接种三价减毒活流感疫苗（LAIV3）、以及18岁以下的未成年人接种灭活流感疫苗与新冠病毒疫苗接种都要间隔14天。
接种禁忌包括对疫苗中所含任何成分（包括辅料、甲醛、裂解剂及抗生素）过敏者或有过任何一种流感疫苗接种严重过敏史者，禁止接种。
以下人群禁止接种三价减毒活流感疫苗（LAIV3）：
1）因使用药物、HIV 感染等任何原因造成免疫功能低下者；
2）长期使用含有阿司匹林或水杨酸成分药物治疗的儿童及青少年；
3）2～4岁患有哮喘的儿童；
4）孕妇（由于国内缺乏孕妇接种流感疫苗的安全性评价数据，我国上市的部分流感疫苗产品说明书仍将孕妇列为接种禁忌。但指南建议孕妇可在妊娠任何阶段接种流感疫苗。）；
5）有吉兰-巴雷综合征（Guillain-Barre syndrome，GBS）病史者；
6）接种前48小时使用过奥司他韦、扎那米韦等抗病毒药物者，或接种前5天使用过帕拉米韦，或接种前17天使用过巴洛沙韦者。
1）患有急性疾病、严重慢性疾病或慢性疾病的急性发作期以及发热患者，建议痊愈或者病情稳定控制后接种。
2）既往接种流感疫苗后6周内出现格林-巴利综合症的患者，建议由医生评估后考虑是否接种。