新工具绘制定向单细胞命运图谱

德国慕尼黑亥姆霍兹中心Fabian J. Theis和美国纪念斯隆—凯特琳癌症中心Dana Pe’er合作，为定向单细胞命运图谱绘制开发出了CellRank工具。相关论文近日在线发表于《自然—方法学》。

研究人员提供了CellRank 工具，用于在多种情况下进行单细胞命运谱图绘制，包括再生、重编程和疾病，这些生物过程的方向是未知的。他们的方法结合了轨迹推断的稳健性和RNA速度的方向性信息，综合考虑了细胞命运决定的渐进性和随机性，以及速度矢量的不确定性。

在胰腺发育数据上，CellRank自动检测初始、中间和终末群体，预测命运潜能，并可视化沿各个谱系的连续基因表达趋势。应用于谱系追踪细胞重编程数据，预测的命运概率可以正确地恢复重编程结果。CellRank还预测了损伤后肺再生过程中新的去分化轨迹。