按长度划分RNA可从短读序列数据中重建转录组

德国慕尼黑大学Stefan Canzar研究团队发现，按长度划分RNA可提高从短读RNA序列数据中重建转录组的精度。这一研究成果1月10日在线发表于《自然—生物技术》。

研究人员报道了Ladder-seq—— 一种在测序前根据长度分离转录本的方法，并利用额外的信息来提高转录本的定量和组装。使用模拟数据，研究人员表明，扩展到处理Ladder-seq数据的kallisto算法可对复杂基因的转录本进行量化，其准确性大大高于传统的kallisto。对于基于参考的组装，一个基于StringTie2算法的定制方案重建了一个单一的转录本，其精度比传统的对应方案高30.8%，对复杂基因的敏感性超过30%。

对于从头组装，基于Trinity算法的类似方案比传统Trinity正确组装了78%的转录本，同时提高了78%的精度。在实验数据中，与传统的RNA测序相比，Ladder-seq揭示了多出40%的携带亚型的基因，并揭示了通过Mettl14敲除m6A耗尽后亚型使用的广泛变化。

据悉，由于缺乏长程信息，从短读RNA测序数据中组装转录本方法的准确性受到限制。