影响DNA甲基化的遗传变异揭示调节基因组功能分子机制

英国伦敦帝国理工学院John C. Chambers等研究人员合作发现，影响DNA甲基化的遗传变异揭示出调节基因组功能的分子机制。这一研究成果近日在线发表于《自然—遗传学》。

研究人员利用3799名欧洲人和3195名南亚人的血液样本确定了DNA序列变异和DNA甲基化之间的关系。研究人员确定了11165559个SNP-CpG关联（甲基化定量性状位点〈meQTL〉，P<10-14），包括467915个反式操作的meQTL。meQTL富含功能相关的特征，包括共享染色质状态、高通量染色体构象相互作用，以及与基因表达、代谢变异和临床性状的关联。研究人员使用分子相互作用和共定位分析来确定将meQTL位点与表型变异联系起来的多种核调节途径，包括UBASH3B（体重指数）、NFKBIE（类风湿关节炎）、MGA（血压）和COMMD7（白细胞计数）。对于rs6511961，染色质免疫沉淀后测序（ChIP-seq）验证了锌指蛋白（ZNF）333是可能反式作用的效应蛋白。

最后，研究人员利用相互作用分析确定了群体和谱系特异的meQTL（包括FADS1的rs174548）对CD8+T细胞的影响最强，从而将脂肪酸代谢与免疫失调和哮喘联系起来。